تعمل مضخة تفريغ الحجاب الحاجز عن طريق ثني غشاء مرن داخل غرفة، مما يغير الضغط ويسحب الغاز من خلال صمام ويطرده من خلال صمام آخر. وهي تستخدم عادةً في التطبيقات التي تتطلب ضخاً خالياً من الزيت، مثل المختبرات والأجهزة الطبية. وعلى الرغم من أنها توفر تشغيلًا نظيفًا ويمكنها التعامل مع الغازات المسببة للتآكل أو الغازات الخطرة، إلا أنها قد لا تحقق مستويات تفريغ عالية جدًا بكفاءة مثل أنواع المضخات الأخرى.